Geneza działalności stoczniowej w Gdyni jest związana z zakładami Franciszka Ledke, mieszącymi się przy ulicy Waszyngtona. Ledke w 1922 r. otworzył warsztat szkutniczy, w którym zajmowano się budową kutrów rybackich. Jednak prawdziwy przełom nastąpił cztery lata później.

Najpierw, w lutym 1926 r. Rada Ministrów podjęła decyzję o przekształceniu gminy wiejskiej Gdynia w gminę miejską. To ważny krok dla rozwoju miasta, a przede wszystkim portu. Natomiast kilka miesięcy później, 7 października, Rada Miejska w Gdyni podjęła uchwałę o budowie przemysłu stoczniowego w tym miejscu.

To właśnie ten dzień uznaje się za datę powstania Stoczni Nauta, która istnieje do dzisiaj. Grupa inżynierów założyła przedsiębiorstwo produkujące barki, szalandy, holowniki oraz części potrzebne do budowy gdyńskiego portu.

Losy gdyńskiej Stoczni były jednak bardzo niepewne. Obiekt kilka razy zmieniał właściciela, a nawet otarł się o likwidację. Mimo to następował systematyczny rozwój zakładu, który został zahamowany przez II wojnę światową. W latach 1939-1945 zdecydowana większość stoczniowych maszyn została zniszczona.

Po 1945 r. miała miejsce wieloletnia odbudowa Stoczni. Oficjalnie w 1976 r. przywrócono przedwojenną nazwę – Nauta, co miało nawiązywać do przedwojennych tradycji zakładu.

Obecnie Stocznia Remontowa Nauta jest częścią grupy MARS Shipyards&Offshore. Przedsiębiorstwo zajmuje się remontem i skomplikowanymi przebudowami zarówno statków cywilnych, jak i wojskowych.

Warto dodać, że pracownicy gdyńskiej stoczni zajmują się naprawą nawet największych jednostek wpływających na Bałtyk. Jednym z przykładów może być zbiornikowiec wahadłowy MT Grena (o długości ponad 277 m i szerokości 46), który był remontowany w Stoczni Nauta w 2013 roku.